Bác sĩ Nguyễn Khắc Viện sinh ngày 5 tháng 2 năm 1913 trong một gia đình trí thức quê ở làng Sơn Hà, huyện Hương Sơn, tỉnh Hà Nội, thân sinh là ông Nguyễn Khắc Niệm đỗ Đệ nhị giáp tiến sĩ xuất thân năm 1927 rồi làm Thượng Thư Triều Đình Huế và Quyền Tổng Đốc Thanh Hóa. Nguyễn Khắc Viện theo học các trường tiểu học ở Hà Tĩnh và Huế, một trường trung học ở Vinh và sau đó là trường Khải Định ở Huế. Sau đó, ông theo học tại Bảo hộ trường Bưởi ở Hà Nội, nơi ông tốt nghiệp năm 1934 với hai bằng Tú tài xuất sắc. Từ năm 1934 đến năm 1937, ông học tại Trường Đại học Y khoa Hà Nội.
Từ năm 1943 đến năm 1948, ông đã ở tại Bệnh viện Saint Hilaire de Touvet, nơi ông đã trải qua 7 cuộc phẫu thuật mất 8 xương sườn và 3/4 (3/4) lá phổi; vậy mà nghị lực khí phách tuyệt vời đã giúp ông sớm khỏi bệnh. Trong thời gian ở bệnh viện, bác sĩ Viện đã đọc rất nhiều về triết học phương Tây và phương Đông. Đặc biệt, ông đã áp dụng một cách sáng tạo phương pháp Yoga vào việc nâng cao sức khỏe của mình.
Năm 1963, bác sĩ Viện bị trục xuất khỏi Pháp do hoạt động trong phong trào đấu tranh chống thực dân Pháp. Năm 1964, về Việt Nam, bác sĩ Viên được bổ nhiệm làm Ủy viên Ủy ban Văn hóa với nước ngoài kiêm Giám đốc Nhà xuất bản Ngoại ngữ (nay là Nhà xuất bản Thế giới). Ông thành lập các tạp chí Le Courrier du Vietnam và Etudes Vietnamiennes và là Tổng biên tập của các tạp chí này.
Ông đã dịch rất xuất sắc Truyện Kiều của Nguyễn Du từ tiếng Việt sang tiếng Pháp, là đồng chủ biên Tuyển tập văn học Việt Nam thế kỷ 10 - 20 sang tiếng Pháp và viết lời giới thiệu cho cuốn sách này. Đồng thời, ông viết sách bằng tiếng Pháp như Vietnam, une longue histoire (Việt Nam 1 thiên lịch sử), Patrie retrouve, Souvenirs, memoires et Commentaires và nhiều bài báo khác giới thiệu về vùng đất, con người và văn hóa Việt Nam năm 1984. , Bác sĩ đã nghỉ hưu và được Chính phủ Việt Nam tặng thưởng Huân chương Độc lập hạng Ba. Năm 1989, ông thành lập Trung tâm Nghiên cứu Tâm lý Trẻ em (Viết tắt: N-T Foundation).
Năm 1992, Viện Hàn lâm Khoa học Pháp đã trao cho ông Giải thưởng Pháp ngữ Grand Prix de la Francophonie vì ông đã sử dụng tiếng Pháp một cách tích cực và hiệu quả. Trong thời gian đó, TS Viên đã biên soạn nhiều tác phẩm về tâm lý trẻ em và tâm lý học nói chung, đồng thời tham gia vào công tác giáo dục tâm lý trẻ em, viết kịch bản cho Hãng phim Khoa học Trung tâm để giới thiệu đến khán giả Việt Nam (Nghìn năm đất tổ, Vịnh Hạ Long, Đất Tây Sơn v.v ...).
Năm 1996, Chính phủ Việt Nam đã tặng ông Huân chương Độc lập hạng Nhất. Ông lâm bệnh vào tháng 7 năm 1996. Tuy nhiên, ông đã cố gắng chống chọi với bệnh tật bằng phương pháp Dưỡng sinh (Bảo tồn năng lượng), phương pháp này không cần dùng đến thuốc hay liệu pháp y tế. Bác sĩ Nguyễn Khắc Viện từ trần ngày 10 tháng 5 năm 1997 (tức ngày mồng 4 tháng Giêng năm Đinh Dậu), hưởng thọ 85 tuổi tại Thủ đô Hà Nội.